מנהלת תנופה הוקמה על פי החלטת הממשלה (מס' 1996 מיום 6.6.04) כ"מנהלת ביצוע במשרד ראש הממשלה" לצורך סיוע בפינוי ופיצוי תושבי חבל עזה וצפון השומרון במסגרת יישום "תוכנית ההתנתקות", סמכויותיה של המנהלה הוגדרו ב"חוק יישום תוכנית ההתנתקות התשס"ה-2005" שהתקבל בכנסת ביום ז' באדר א' התשס"ה 16.2.2005 המנהלה נקראה "מנהלת סל"ע- סיוע למתיישבי חבל עזה וצפון השומרון",  ובראשה  עמד מר יונתן בשיא ולאחריו הגב' צביה שמעון.

ביום כז' באלול תשס"ט 16.9.2009 פרסמה ועדת החקירה הממלכתית בנושא טיפולן של הרשויות  המוסמכות במפוני גוש קטיף וצפון השומרון דו"ח במסגרתו הגדירה  את הטיפול במפונים כ"משימה לאומית דחופה", הועדה קבעה בין היתר:

"לדעת הוועדה, התנעה מחדש של תהליך שיקום המפונים דורשת בראש ובראשונה שינוי תפיסתי במשרדי הממשלה. דפוסי פעולה שאפיינו את התהליך בשנים האחרונות, טעונים שינוי.

לשם ביצוע השינוי התפיסתי עליו דיברה ועדת החקירה החליט ראש הממשלה למנות את עו"ד בנצי ליברמן לראש המנהלה וזאת בין היתר בשל היותו דמות המקובלת על המפונים, היכרותו  את נושא הטיפול במפונים, וניסיונו העשיר הן בשוק הפרטי והן בשירות הציבורי כראש מועצה אזורית שומרון במשך כ-10 שנים.

כצעד נוסף להטמעת שינוי התפיסה והפחת רוח חדשה זו, החליטה הממשלה ביום 15.11.09 (החלטה מס' 903) לשנות את שם המינהלה, ל"מנהלת תנופה". וזאת מתוך כוונה כי שינוי השם יבטא – הן כלפי משרדי הממשלה, הן כלפי המפונים והן כלפי הציבור הרחב –  פתיחת שלב חדש בתהליך הטיפול והשיקום של המפונים, בו עושים כל הצדדים מאמץ עליון על מנת להביא תהליך זה לידי סיום מהיר.

חזון המנהלה הוגדר מחדש: 

• שיקום והתחדשות התושבים והקהילות העקורות מגוש קטיף וצפון השומרון, בישובי הקבע בפרט ובחברה הישראלית בכלל.
•  מינוף המשך דרכם בעשייה הציונית ויישוב הארץ לפיתוח והרחבת ההתיישבות בנגב ובפריפריה, כחלק בלתי נפרד מהמדיניות הלאומית הכוללת

ביום ג' בתמוז תש"ע 15.6.2010 פרסמה ועדת החקירה את הדו"ח הסופי במסגרתו ציינה בין היתר:

"הוועדה התרשמה מן העשייה המבורכת והנמרצת המאפיינת לאחרונה את פעילותה של מינהלת תנופה. פעילותם המאומצת של ראשי המינהלה, הנעשית תוך שיתוף פעולה מלא והדוק עם ועד המתיישבים, ראשי הקהילות ומשפחות המפונים, עשויה לחולל את השינוי המיוחל במצב המפונים ולהחיש את השלמת תהליכי שיקומם"
במסגרת המלצותיה קבעה הוועדה כי:

"יש להתייחס אל סיום הטיפול במפונים- לא רק בנושא זירוז בניית בתי הקבע, אלא בכלל הנושאים – כאל משימה לאומית דחופה, הנמצאת בראש סדר העדיפויות הממשלתי ואשר קודמת למשימות שוטפות אחרות של המשרדים"

ממשלת ישראל (החלטה 1978 מיום 15.7.2010) אימצה את המלצות ועדת החקירה, מנהלת תנופה מרכזת את עבודת המטה, התיאום הבין משרדי הפיקוח והבקרה על יישום המלצות ועדת החקירה. החלטת הממשלה יש בה כדי לקדם את החזון של שיקום הפרט והכלל והבאת הקהילות אל ישובי הקבע במהירות האפשרית  .